Am 5. September 2010 eröffnete Franz Welser-Möst als Generalmusikdirektor der Wiener Staatsoper seine erste Spielzeit mit Wagners Tannhäuser. Tags darauf dirigierte er die Wiederaufnahme von Puccinis La bohème. Diese Aufführungen und auch die darauffolgende Neuproduktion von Hindemiths Cardillac gerieten unter seiner Stabführung zu triumphalen Erfolgen. Es werden weitere Neuproduktionen von Don Giovanni, Le nozze di Figaro und Kátja Kabanová folgen.

Nach seinem Debüt im Haus am Ring 1987 als Dirigent von L'italiana in Algeri leitete er Vorstellungen von Le nozze di Figaro, Tristan und Isolde, die Premiere von Arabella, die Neuproduktion des Ring des Nibelungen und wirkte beim Festkonzert "50 Jahre Wiedereröffnung der Wiener Staatsoper" mit.

Franz Welser-Möst dirigierte das Neujahrskonzert der Wiener Philharmoniker 2011. Auch sonst ist er mit den Wiener Philharmonikern eng verbunden. 2009 dirigierte er das Orchester bei den Salzburger Festspielen, beim Lucerne Festival, bei den BBC Proms in London sowie beim Festkonzert zum 150-jährigen Bestehen des Wiener Singvereins. Im Juni 2010 begeisterte er über 100.000 Besucher des Sommernachtskonzertes Schönbrunn. Im November dirigierte er die Wiener Philharmoniker mit Bruckner im Rahmen der Japantournee. Nur 8 Tage später war er nochmals mit Bruckner zu hören, wieder in Tokio in der Suntory Hall; diesmal mit dem Cleveland Orchestra, dessen Musikdirektor Franz Welser-Möst seit September 2002 ist. Nur neun Monate nach seinem Amtsantritt war sein Vertrag bereits bis zur Saison 2011/2012 verlängert worden, und im Juni 2008 wurde eine weitere Verlängerung bis 2018 angekündigt. Franz Welser-Möst und sein Orchester pflegen enge Verbindungen zur New Yorker Carnegie Hall sowie zum Wiener Musikverein und dem Lucerne Festival. 2008 gastierten sie bei den Salzburger Festspielen im Rahmen einer von der Kritik umjubelten Residenz mit Aufführungen von Dvoráks Oper Rusalka und drei symphonischen Programmen. Seit 2007 ist das Cleveland Orchestra unter Franz Welser-Möst zudem für zehn Jahre Ā»Orchestra in ResidenceĀ« beim Adrienne Arsht Center for the Performing Arts of Miami-Dade County in Florida. 2010/11 finden Aufführungen in der Carnegie Hall und der Suntory Hall in Japan statt. In der Saison 2011 wird es erstmals eine Orchesterresidenz im Rahmen des New Yorker Lincoln Center Festivals geben, wo mit dem Cleveland Orchestra Produktionen der Wiener Staatsoper gezeigt werden.

Mit dem Cleveland Orchestra präsentierte Welser-Möst 11 Uraufführungen und 14 Erstaufführungen in den USA. 2009 stand Le nozze di Figaro am Programm. Mozarts Da Ponte Opern wurden 2009/2010 mit einer Così fan tutte fortgesetzt und werden 2010/2011 mit Don Giovanni abgeschlossen.
Von 1995 bis 2008 war Franz Welser-Möst musikalischer Chef des Opernhauses Zürich. Er dirigierte mehr als 40 Premieren an diesem Haus, unter ihnen zahlreiche, die von EMI auf DVD aufgenommen wurden, so Der Rosenkavalier, La bohème, Fierrabras, Don Giovanni und Peter Grimes. Mit dem Züricher Ensemble trat Franz Welser-Möst in London, Paris, Tokio und weiteren bedeutenden Musikzentren weltweit auf.

Seine CD- und DVD-Einspielungen erhielten eine Vielzahl wichtiger Preise, wie den Gramophone Award, einen Diapason d'Or, den Japanese Record Academy Award und zwei Grammy Nominierungen. Neben den Züricher Opern DVD Einspielungen wurden Bruckners Sinfonien Nr. 5, 7. und 9. mit dem Cleveland Orchestra auf DVD veröffentlicht. Die jüngsten CD-Einspielungen sind Livemitschnitte von Beethovens Sinfonie Nr.9 und Wagner Preludes und Overtüren mit dem Cleveland Orchestra für Deutsche Grammophon. EMI legte kürzlich in einer "Welser-Möst Edition" einige Einspielungen mit dem London Philharmonic Orchestra neu auf.
Franz Welser-Möst ist Ehrenmitglied des Wiener Singvereins, Träger des Goldenen und des Silbernen Ehrenzeichens von Oberösterreich und wurde 2003 von Musical America zum "Conductor of the Year" gekürt. 2007 erschien sein Buch Kadenzen. Notizen und Gespräche, aufgezeichnet von Wilhelm Sinkovicz.

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